民國三十八年三月，國防醫學院師生及設施，奉命由上海遷台，院址座落於水源（思源）路現址。當時知名教授如外科張先林先生，婦產科李士偉先生和牙科黃子濂先生於任教之餘，承租台北市杭州南路日式房舍，籌設中心診所，服務民眾。成立之初，除上述三位臨床醫師，應診自診外，另聘護士張宏如及藥劑兼收發余雪侶協助，規模極小。經年，求診者日眾，臨床醫師漸增，應實際之需要，承當時副總統陳首肯，允國防醫學院可成立民眾服務處。乃遷小南門廣州街（現市立和平醫院旁）擴充設施，增聘名醫，並設有住院病房３０床，仍命名為中心診所。而後不斷有杏壇先進，或由國外進修返國精英之加入，如外科文忠傑醫師、眼科林和鳴醫師、骨科鄧述微醫師、耳鼻喉科榮寶峰醫師、小兒科聶重恩醫師、泌尿科鄭不非醫師、神經外科王師揆醫師及施純仁醫師、麻醉科王學仕醫師等醫師群，皆屬一時之選。苦於床位有限，患者每多向隅，又於五十六年，於院址巷內另行擴建，分別成立內、外科病房，有病床１５床，時稱之為小中心診所。

    隨著社會經濟的繁榮，以及赴國外進修的優秀醫師相繼返國投入，醫療業務廣受肯定。小中心診所之名聲因而遠播，華僑返國求診者亦絡驛不絕。

    此時，擴增後之設施，又顯嫌不足。有感於此，於是集合六十四位國防醫學院、三軍總醫院及榮民總醫院資深優良之臨床醫師，週密闢劃，群策群力，於民國六十年，覓址於忠孝東路一塊農地，興建總建築面積３６００坪，設計新穎，美侖美奐的十二層現代化醫院，此即為現在位於最繁華黃金地段之忠孝東路四段七十七號現址，擇期於六十二年三月一日開幕，仍沿用中心診所之名稱，病床２００床，各科齊備，屬開放式之綜合醫院。開幕以來，榮盛極一時，享譽杏壇，院譽更隆。同年（六十二年）十一月二十四日，奉台北市政府衛生局為北市衛三字１９５９０號函，核准財團法人登記。復因醫院診所管理規則之規定，凡設置病床，診治病人者為醫院，僅應門診者為診所，故又於中心診所之下加以醫院二字，以符規定。最近三屆衛生署和教育部評鑑，評定為區域教學醫院（二次）及準區域教學醫院（一次）。各科病床共240床，分設２７科，醫、護、其他職務技術人員、行政人員和職工共５１０人。

    近十年來，由於政府及財團之大量投資，以及大型醫院的相繼成立，復以全民健保之實施，醫療生態丕變，對本院不無衝擊，幸本院歷年均編列鉅額經費，培養新秀，老幹新枝，始終保持一貫的高品質醫療服務；檢查診療儀器，亦不斷汰舊換新，力求完善。現已完成全面病房整修，並更新一般設備，將以全新面貌，回饋社會。

    自九十一年三月一日起，擴大與台北榮總醫療技術合作，進行人員交流，並以全方位高品質醫療服務水準佳惠病患。